Los contratos con ocho compañías petroleras extranjeras y la privatización del frigorífico Lisandro de la Torre desbordaron la ira de los peronistas nacionalistas, que se sentían traicionados. A su vez, se levantaron las protestas de la dirigencia industrial nacional, que necesitaba el petróleo barato, y que temía que si la Argentina no se sumaba a Estados Unidos en su lucha contra Castro, sufriría la misma política de agresión que Cuba.
Ante la creciente oposición de la clase obrera, con una recurrente recesión y muy poco espacio para maniobrar, Frondizi cedió a todos los planteos militares y declaró primero el estado de sitio y luego el
plan CONINTES para desmovilizar la protesta social. Al mismo tiempo legalizó al Partido Peronista para competir en las elecciones de 1962 para gobernadores provinciales, en las que logró imponerse en cinco distritos.
Este hecho, unido a la posición del país en la Conferencia de Punta del Este (1962) -en la que se abstuvo de votar las sanciones contra la Cuba de Castro como exigían los Estados Unidos- y la posterior visita al país de
Ernesto Guevara en forma clandestina y con una entrevista personal con el jefe de Estado, fue tomado como una provocación al poder real. Fue intolerable para los militares, que decidieron el derrocamiento de Frondizi, encendiendo la llama del más virulento antiperonismo, al estilo de los años '55 y '56. El presidente destituido conservó la cordura suficiente para salvar al menos un simulacro formal de institucionalidad, designando como sucesor al titular provisional del Senado, José María Guido.